本中心原稱共同學科,於1980年以前僅為一個組織較鬆散的教學研討會。1981年,教務長兼共同科召集人王松茂教授與訓導長洪同教授等多次研商,始擬議給予共同學科正式之編制,並將之隸屬於理學院。 1982年,毛校長正式同意本科編製獨立預算,新任理學院劉兆玄院長委請陳華副教授擔任本科召集人。於是,本科之行政業務及發展方向,逐漸步入正軌;1984年8月,本校人文社會學院成立,聘請中央研究院院士李亦園先生擔任院長,在李院長的策劃與領導之下,共同學科終於1985年8月獲毛校長核定,單獨成為一個與系級平行的行政單位,並設主任一人。

  經過將近十年的發展,共同學科之教學範圍逐漸擴大,涵蓋大學通識教育之諸多面向。1992年五月,在本校組織規程草案中決議將「共同學科」名稱改為「通識教育中心」(Center for General Education),使「共同學科」能包容於更周延的發展方向之中。此一改制為全國創舉,至此,通識教育中心在本校之定位為一實際負責推動、規劃和執行通識教育的一個獨立教學研究單位。

  1995年1月本校校務會議決議在本中心之上,設置院級之共同教育委員會,由各學院院長及若干名與通識教育有關的教授組成,主要職責係審核通識教育中心的規章計畫,及協調、溝通中心與各學院間的課程事宜。因此,自1997年起通識教育中心自人文社會學院改隸至共同教育委員會。

  迄今,清華大學通識教育中心成立至今已逾二十年。通識教育中心除了在組織架構上是全國首創的通識專責單位(圖一),在核心課程的設計及推動上也居國內高教之先。自2000年起通識教育中心執行「清華大學通識教育課程整合與改進計畫」,面對社會與教育情況之變遷,考慮通識教育理念與本校發展之需求,針對清華學生特色首先發展出五大向度的課程架構概念圖,並歷經四年期「邁向全方位的大學通識教育課程系統」計畫(2001年至2005年) 與一年的試行,完成核心通識七向度課程規劃之階段性任務。此課程架構開啟國內通識教育前所未有之改革。

  自2006年起,清華大學核心通識七向度課程正式施行,即推行新的通識課程修課制度,本階段之課程將原30個共同學分區分為:(一)大學語文10學分〈大學中文2學分,大學英文8學分〉;(二)核心通識10-15學分;以及(三)進階/多元通識選修5-10學分。核心通識課程分為七大向度,計有「思維方式」、「生命之探索」、「藝術與美感」、「社會與文化脈動」、「科學、技術與社會」、「文化經典」及「歷史分析」。通識選修分類則依兩項原則交叉設計:第一為依七大向度,其次為依人文、社會及自然科學等原始之三門九類分類,此核心通識制度已成為國內大學跟進的典範。師資聘任方式亦有調整,將過去單獨聘任制修改為與其他系所合聘,俾教師於研究上有其歸屬,在通識教學與研討上亦有其戮力之場域。

  清華核心課程經五年的施行,已趨穩定成熟階段,本校除進一步於2007年至2010年,透過執行教育部「以通識教育為核心之全校課程革新三年期計畫」,積極推動核心通識與進階/多元通識教育之精進。同時,於2008年著手進行首次核心通識課程檢討,且配合清華「大學部教育改進工作小組」之政策,規劃設計適合人社科管背景學生的自然科學領域通識課程。擬經此轉化過程,使其與其他校內跨院系課程連動改革,完善大學部教育長期改革之理想,期培養具多元能力之優質清華學生,使成為未來領導人才。

  2014年,本校啟動進一步之通識課程檢討。歷經一年之討論與籌劃,於2015年進一步盤整、落實核心向度架構,拓展文化經典向度與實作課程架構,並以辦理課程工作坊與宣導,促進校內師資支援與課程交流。另外,本校為推動大學部教育之整合,於2015年8月正式將共同教育委員會改制為清華學院。2016年11月因應本校與新竹教育大學之合併,轉型期間,設置南大校區通識教育中心分部,處理原竹教大舊制通識課程事宜,舊制課程未來將逐年進行課程整合,本中心配合此變革,亦積極進行跨單位合作,健全本校規劃及審議通識課程之運作制度,持續落實清華通識教育的目標與願景。目前發展中之課程架構如下:

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